L’Autorità Nazionale di Coordinamento Maltese ha sede presso l'Office of the Deputy Prime Minister and Minister for European Funds, Social Dialogue and Consumer Protection.

L’Autorità Nazionale di Coordinamento Maltese è responsabile di due principali funzioni:

Una funzione regolamentare legata alla responsabilità dello Stato di Malta riguardante le attività di monitoraggio e controllo, la verifica delle procedure e le spese effettuate dai partner progettuali maltesi.

Una funzione di coordinamento nell'implementazione del programma di cooperazione per la parte relativa al territorio maltese e in generale supporto alle attività di animazione dei potenziali beneficiari del programma, in collaborazione con l’Autorità di Gestione e il Segretariato Congiunto.